La Comisión Plenaria es el máximo órgano de gobierno y está compuesta por los representantes de las iglesias miembro de FEREDE, las entidades religiosas incorporadas a la Federación, los Consejos Evangélicos Autonómicos y los Organismos Autónomos de FEREDE. Está presidida por el Presidente, -y en su ausencia, por el Vicepresidente- de la Comisión Permanente.

Son FACULTADES de la Comisión Plenaria, de acuerdo a los Estatutos, todas aquellas propias de una Federación de iglesias cristianas evangélicas y especialmente:

A. Determinar los principios y actuación de esta Federación.

B. Examinar y aprobar, sí procede, el balance, los estados económicos, los presupuestos y los informes de gestión que fueren pertinentes.

C. Elegir a las personas que han de constituir la Comisión Permanente y otros cargos según lo indicado en sus Estatutos.

D. Crear comisiones especiales técnicas y de servicio para el desarrollo de su ministerio y regular su funcionamiento.

E. El estudio, firma, seguimiento y efectivo cumplimiento de los Acuerdos de Cooperación que se establezcan con el Estado o con otras Administraciones dependientes del mismo.

F. Deliberar y decidir sobre aquellas cuestiones que le sean planteadas válidamente por la Comisión Permanente, por otros órganos de FEREDE y por los miembros de dicha Federación.

G. La admisión y exclusión de miembros según lo indicado en los Estatutos.

H. Conferir representación legal, dar o revocar todo tipo de poderes delegando todas o parte de sus facultades.

I. La modificación de Estatutos, la aprobación de Reglamentos de Régimen Interno y la disolución de la Entidad.