Forman parte de FEREDE una gran pluralidad de iglesias evangélicas o protestantes. Estas iglesias pueden integrarse en FEREDE de manera individual o a través de las agrupaciones denominacionales que FEREDE reconoce en su seno, que se definen por tener afinidad doctrinal, la celebración de reuniones periódicas, disponer de órganos consultivos o decisorios y una destacada presencia y estabilidad en España. En la actualidad, las agrupaciones denominacionales reconocidas son las siguientes:

• Anabautistas, Menonitas y Hermanos en Cristo en España
• Asamblea Cristiana
• Asambleas de Dios de España
• Asambleas de Hermanos
• Comunión Anglicana:
  • Iglesia Española Reformada Episcopal (IERE)
  • y Federación Anglicana (Sección Española de la Diócesis en Europa).
• Federación de Iglesias Apostólicas y Pentecostales de España (FIAPE).
• Federación de Iglesias Betania. (FIBE)
• Federación de Iglesias de Dios de España (FIDE)
• Federación de Iglesias Evangélicas Independientes de España (FIEIDE)
• Federación de Iglesias Evangélicas Pentecostales de España (FIEPE)
• Iglesia Cuerpo de Cristo
• Iglesia Evangélica Española (IEE)
• Iglesia del Evangelio Cuadrangular
• Iglesia Evangélica Filadelfia
• Iglesias Buenas Noticias
• Iglesias de Cristo
• Iglesias de la Biblia Abierta
• Unión Evangélica Bautista de España (UEBE)
• Unión de Iglesias Cristianas Adventistas del Séptimo Día (UICASDE)